Unternehmen, die mit ökologischen Lebensmitteln handeln, sind verpflichtet, am gemeinschaftsrechtlichen Kontrollverfahren nach den EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau teilzunehmen.

Streckengeschäftler, Großhandelsunternehmen, an gewerbliche Kunden vermarktende C+C-Märkte oder Internet-Handelshäuser müssen zum Beispiel am Kontrollverfahren teilnehmen. Unternehmen, die nur ihre Dienstleistung in Rechnung stellen (zum Beispiel Speditionen), werden dagegen in der Regel durch die Kontrollpflicht nicht erfasst.

Der Einzelhandel ist in Deutschland von der Teilnahme am Kontrollverfahren nach der EU-Bio-Verordnung freigestellt, wenn ausschließlich mit vorverpackten Bio-Lebensmitteln gehandelt wird. Auch lose Bio-Ware kann in geringen Mengen (5.000 kg pro Jahr, oder Jahresumsatz mit loser Ware bis zu 20.000 Euro) angeboten werden, dann wird jedoch eine Meldung bei der zuständigen Behörde des Landes erforderlich.

Wenn im Einzelhandel lose Ware oberhalb dieser Grenzen angeboten bzw. aufbereitet wird, also zum Beispiel Bio-Backwaren fertiggebacken oder Bio-Käse vorverpackt werden, müssen auch Einzelhandelsunternehmen am Kontrollverfahren teilnehmen.

Die Frage, ob lose Öko-Ware oder vorverpackte Bio-Lebensmittel gehandelt werden, spielt bei der Risikoeinstufung des Unternehmens durch die Öko-Kontrollstelle eine wichtige Rolle. Sie bestimmt Art und Häufigkeit der Inspektionsbesuche. Bei Unternehmen, die an mehreren Standorten tätig sind, muss die Öko-Kontrollstelle zudem festlegen, mit welcher Frequenz die Einzelstandorte aufgesucht werden.

Bei den Kontrollbesuchen werden zunächst die Zertifikate ("Bescheinigungen") der Lieferantinnen und Lieferanten des Handelsunternehmens eingesehen. Diese können durch das Unternehmen auch internetgestützt verwaltet werden. Vorteilhaft bei diesem System ist, dass die zeit- und kostenaufwändige Verwaltung von Zertifikatskopien in Papierform entfällt - bei Änderungen des Zertifizierungsstatus seiner Lieferantinnen und Lieferanten informiert bioC das Handelsunternehmen automatisch per E-Mail.

Bei der Prüfung werden auch die Läger besichtigt. Öko-Erzeugnisse müssen so gelagert werden, dass sie stets als solche erkennbar und vor Kontamination geschützt sind. Während diese Forderungen bei vorverpackten Bio-Lebensmitteln einfach zu erfüllen sind, werden an Unternehmen, die lose Schüttgüter vermarkten, erhöhte Anforderungen gestellt. So muss ein Streckenhandelsunternehmen von Biogetreide zum Beispiel sicherstellen, dass die von ihm beauftragten Speditionen eine Kontamination der Bio-Ware mit Vorratsschutzmitteln, wie Pirimiphosmethyl, ausschließen. Ferner gilt, dass Öko-Erzeugnisse so transportiert werden müssen, dass ein Austausch verhindert wird.

Einen Schwerpunkt des Audits bildet die Prüfung der Dokumentation der hausinternen Qualitätssicherung. Die Ergebnisse der unternehmensinternen Analytik werden eingesehen. Wenn Beanstandungen vorliegen, die die Ökoqualität der Ware betreffen, werden die durch das Unternehmen getroffenen Maßnahmen geprüft.